Die neuen Städte
Da der Werder als kurfürstlicher Besitz in die Festung einbezogen war, konnte die Besiedlung auf diesem Gebiet in Angriff genommen werden. Die schon im 16. Jahrhundert vorhandenen Anlagen wurden jetzt fortgeführt. Die neue Siedlung, die den Namen Friedrichwerder erhielt, war anfänglich eine landesherrlichen ,,Freiheit", d.h. ein Bezirk, der der Ratsverwaltung entzogen war; ihre Einwohner besaßen kein Bürgerrecht. Der Anbau ging sehr schnell vor sich. Der erste, der sich ein stattliches Haus errichtete, war der Ingenieur Memhardt, am Platz der heutigen Kommandantur Unter den Linden. Sein Nachbar auf dem Boden des Kronprinzen Palais war der kurfürstliche Geheimsekretär Johann Martiz. In der Mehrzahl siedelten sich kurfürstliche Beamte auf dem Werder an. Der Anbau begann vom Spittelmarkt her, wo sich ein kurfürstlicher Baumgarten erstreckte, an den sich bis zum Reitstall ein Holzgarten anschloß. Längs durch diese Gärten wurde die Hauptstraße, die Kurstraße, damals Friedrichstraße genannt, angelegt, sie führte am Jägerhof vorbei. Auf seinem Grund und Boden steht jetzt die alte Reichsbank. Die zweite Hauptstraße wurde die alte Leipziger Straße, die vom alten Leipziger Tor bis zur Jungfernbrücke verlief. Sie vermittelte die einzigste Verbindung von außen nach Cölln, nachdem die vom Gertraudtenkirchhof abgehende alte Straße durch die Bastion abgeriegelt war. 1670 wurde die ,,Freiheit" in die ,,Residenz und Feste" Friedrichwerder umgewandelt. Die neue Stadt erhielt einen Marktplatz jetzt Werderscher Markt, an ihm gelegen ein Rathaus. In ihm befand sich die Stadtschule, auch wurde der Gottesdienst für die Kirchengemeinde dort abgehalten. 1699 wurde der französischen und deutschen Kirchengemeinde der Reitstall für einen Umbau zu einer Kirche überwiesen. 1701 wurde die Kirche eingeweiht. 1824 erfolgte ein Neubau durch Schinkel in der Form wie heute die Friedrichwerdersche Kirche noch besteht. In der Nähe des Marktes wurde auf dem Grund von alten Mühlen 1670 der Packhof mit einem Hafen, in dem die Hamburger Schiffe anlegten, gebaut 1835 errichtete Schinkel auf diesem Platz die Bauakademie. Die Mühlen wurden auf die Schloßfreiheit verlegt. Auf dem Werder nahm seinen Wohnsitz der Marinedirektor Benjamin Raule (Raules Hof), der auf der Stelle des alten Ballhauses sich ein Haus baute. Der Stadtteil zwischen dem Cöllner Stadtgraben und der Fortifikation vom Gertraudtenkirchhof und dem Oberbaum wurde gleichfalls besiedelt und erhielt den Namen ,,Neucölln am Wasser".

Die Dorotheenstadt
Die Anlage des Homwerkes 1681, das noch vor der Vollendung der eigentlichen Festung in Angriff genommen wurde, gab die Veranlassung zu einer zweiten Stadtgründung. Mehrere Bürger und Hofbeamte hatten den Wunsch geäußert, vor der Neustädtischen Brücke, auf dem Gelände zwischen der Spree und den Linden, Baustellen zu erwerben. Das Gebiet gehörte zu einem Tiergartenvorwerk, das der Größe Kurfürst seiner zweiten Gemahlin Dorothea 1668 geschenkt hatte. Da der Boden wenig Ertrag bot, bat Dorothea um die Erlaubnis, das Ackerland als Baustellen auszuteilen. 1674 wurde die Stadt privilegiert und Dorotheenstadt genannt. Das an der Spree gelegene Wiesengelände wurde als ,,Neue Auslage in den Bebauungsplan einbezogen, aber erst später der Bebauung erschlossen. Es entstanden u.a. die Charlottenstraße, und die Dammstraße, später Friedrichstraße, an deren Nordende die Dorotheenstädtische (Weidendammer) Brücke zur Spandauer Vorstadt hin aufgeführt wurde. Um 1699 wurde die Dammstraße in grader Linie bis zur Berliner Hasenheide durchgelegt, und damit verschwanden die zahlreichen Wege, die sich früher in dieser Gegend befanden. An öffentlichen Gebäuden und Anlagen sind die Dorotheenstädtische Kirche und der dahinter liegende SchiffsbaupIatz zu nennen. Der Bau der Kirche begann 1678 und wurde 1687 beendet. Ihre Benutzung stand der deutschen sowie der französischen Gemeinde gemeinsam zu. Den Schiffsbauplatz hatte der Große Kurfürst anlegen lassen. Im Jahre 1696 wurde der Kammergerichtspräsident von Danckelmann Besitzer des Hauses. Seine Erben überließen es 1712 dem Oberhofmeister von Kamecke. Dieser ließ durch Schlüter das bekannte Gartenhaus (Palais Kamecke) in der Dorotheenstraße erbauen.

Die Friedrichstadt
Auf der Südseite der Linden hatte der Große Kurfürst eine dritte Neustadt, die ,,Friedrichstadt" begonnen, doch 1681 wurde diese zur Dorotheenstadt gezogen. Sein Sohn, König Friedrich 1., führte gleich nach seinem Regierungsantritt den Plan des Vaters durch. Das durch die heutige Behrenstraße, Schützenstraße und die Festungswerke begrenzte Gebiet, das Cöllner Sommerfeld, wurde von den Ackerbesitzern erhandelt und in viereckige Baublocks zerlegt. Die Neuanbauenden erhielten günstige Privilegien, durften aber nur nach den von Nehring gefertigten Bauzeichnungen Häuser errichten. 1695 übernahm der Ingenieur Behr (nach ihm die Behrenstraße) und Grünberg die Bauleitung. Als Hauptstraße wurde die Friedrichstraße und die Leipzigerstraße angelegt, als Seitenstraßen entstanden die Kronen-, Mohren-, Tauben- und Jägerstraße. Die Charlottenstraße wurde mit der Dorotheenstadt verbunden. Zwei Plätze sollten dem Marktverkehr dienen, der Friedrichstadtische Markt (Gendarmenmarkt) und der Große Markt (Dönhoffsplatz).

Bauliche Veränderungen
Bedeutsam waren die baulichen Veränderungen, die das 17. Jahrhundert in der Nähe des Schlosses brachte. Von ihm aus wurde zur besseren Verbindung mit dem Tiergarten - der Zug nach dem Westen - 1647 von der Hundebrücke bis zum Beginn der heutigen Straße Unter den Linden eine sechsreihige Allee von Linden und Nußbäumen angelegt. Die Geburtsstunde der Prachtstraße Berlin, der Ost-West-Achse, hatte geschlagen. Diese erste Anlage der Straße fiel der Fortifikation zum Opfer. Der heutige Straßenzug Unter den Linden entstand 1673 und begann an der Neustädtischen Brücke und reichte bis zur Wallgasse (Schadowstraße). Zwischen der Hundebrücke und der Neustädtischen Brücke wurde 1695 der Grundstein zum Arsenal oder Zeughaus gelegt. Die künstlerische Urheberschaft ist strittig. Wahrscheinlich haben Blondel, de Bodt, Nehring, Schlüter und Grünberg daran gearbeitet.
Bald nach seinem Regierungsantritt ließ der Große Kurfürst im Verein mit seiner jungen Gemahlin Luise Henriette den Lustgarten nach holländischem Geschmack anlegen. Nachbildungen antiker Statuen zierten den Garten. Der Leibarzt Dr. Elsholtz legte in ihm den ersten Botanischen Garten an. Hier wurden die ersten Kartoffeln gepflanzt. Den Lustgarten ließ der Große Kurfürst durch eine Reihe schöner Gebäude umgeben. Bei dem Pomeranzenhaus an der Ostseite wurde ein großes Bibliotheksgebäude geplant, das unvollendet blieb. Zwischen der Bibliothek und dem Schloß lag die Schloßapotheke, in dessen erstem Stock 1661 die Bibliothek eingerichtet wurde. An der Nordwestecke des Schlosses entstand 1667 das Ballhaus. Dem Schloß gegenüber, an der Breitenstraße, erhob sich seit dem Beginn des 17. Jahrhunderts der kurfürstliche Marstall. Als dieser 1665 abbrannte, wurde durch Smids ein Neubau errichtet mit Beibehaltung der anscheinend unbeschädigt gebliebenen Vorderansicht. Der dem Schloß gegenüber liegende Uferweg von der Parochialkirche, Langen Brücke in der Richtung zum Spandauer Tor wurde als Burgstraße ausgebaut. In der Stadt entstanden beachtenswerte Privathäuser, so am Collnischen Fischmarkt Ecke der Roßstraße das Haus des Generalfeldmarschalls von Derfflinger. Dieser Bau ist ein Werk Nehrings.
Auf Veranlassung des Kurfürsten entschloß sich der Rat von Berlin, sein Rathaus durch eine grundlegende Erneuerung zu verschönern. Nach Nehrings Entwürfen wurde ein neuer Flügel in der Spandauer Straße errichtet. Von demselben Künstler stammt auch der Bau der neuen reformierten Pfarrkirche, der Parochialkirche, in der Klosterstraße. Nach Nehrings Tode, 1695, wurde Grünberg mit der weiteren Bauleitung betraut. Die Einweihung verzögerte sich bis 1703, weil 1698 durch die Schuld des Hofmaurermeisters Braun die Gewölbekuppel einstürzte. Durch ihr Glockenspiel ist die Kirche ein Wahrzeichen Berlins geworden.

Die Vorstädte
Trotz der Festungswerke nahmen die Vorstädte immer mehr an Einwohnerzahl zu. Vor allem in der Spandauer Vorstadt und an den großen Ausfallstraßen wurde eifrig gebaut. Die Bevölkerungszahl in der Vorstadt vor dem Köpenicker Tor wuchs so, daß es nötig wurde, für diesen Ortsteil eine neue Kirche an der alten Bullenwiese zu errichten. Sie wurde Sebastiankirche genannt, nach dem Cöllner Ratsmann Nehte, welcher den Hauptverdienst am Kirchenbau hatte. Grünberg hat sie gebaut. 1802 wurde sie Luisenstädtische Kirche genannt.